Python Module Index

s
 
s
seismicrna
    seismicrna.align
    seismicrna.align.fqops
    seismicrna.align.fqunit
    seismicrna.align.main
    seismicrna.align.report
    seismicrna.align.sim
    seismicrna.align.tests
    seismicrna.align.tests.fqutil_test
    seismicrna.align.tests.sim_test
    seismicrna.align.tests.xamgen_test
    seismicrna.align.write
    seismicrna.align.xamops
    seismicrna.cleanfa
    seismicrna.cleanfa.cleanfa
    seismicrna.cleanfa.main
    seismicrna.cluster
    seismicrna.cluster.addclust
    seismicrna.cluster.batch
    seismicrna.cluster.compare
    seismicrna.cluster.csv
    seismicrna.cluster.data
    seismicrna.cluster.delclust
    seismicrna.cluster.em
    seismicrna.cluster.io
    seismicrna.cluster.main
    seismicrna.cluster.names
    seismicrna.cluster.report
    seismicrna.cluster.save
    seismicrna.cluster.tests
    seismicrna.cluster.tests.compare_test
    seismicrna.cluster.tests.em_test
    seismicrna.cluster.uniq
    seismicrna.cluster.write
    seismicrna.core
    seismicrna.core.arg
    seismicrna.core.arg.cli
    seismicrna.core.arg.cmd
    seismicrna.core.arg.default
    seismicrna.core.arg.docdef
    seismicrna.core.array
    seismicrna.core.batch
    seismicrna.core.batch.accum
    seismicrna.core.batch.count
    seismicrna.core.batch.ends
    seismicrna.core.batch.index
    seismicrna.core.batch.muts
    seismicrna.core.batch.read
    seismicrna.core.batch.tests
    seismicrna.core.batch.tests.count_test
    seismicrna.core.batch.tests.ends_test
    seismicrna.core.batch.tests.index_test
    seismicrna.core.batch.tests.muts_test
    seismicrna.core.data
    seismicrna.core.extern
    seismicrna.core.extern.depend
    seismicrna.core.extern.shell
    seismicrna.core.extern.tests
    seismicrna.core.header
    seismicrna.core.io
    seismicrna.core.io.batch
    seismicrna.core.io.brickle
    seismicrna.core.io.file
    seismicrna.core.io.seq
    seismicrna.core.io.tests
    seismicrna.core.io.tests.file_test
    seismicrna.core.logs
    seismicrna.core.mu
    seismicrna.core.mu.compare
    seismicrna.core.mu.dim
    seismicrna.core.mu.frame
    seismicrna.core.mu.measure
    seismicrna.core.mu.nan
    seismicrna.core.mu.scale
    seismicrna.core.mu.tests
    seismicrna.core.mu.tests.compare_test
    seismicrna.core.mu.tests.dim_test
    seismicrna.core.mu.tests.frame_test
    seismicrna.core.mu.tests.measure_test
    seismicrna.core.mu.tests.nan_test
    seismicrna.core.mu.tests.scale_test
    seismicrna.core.mu.tests.unbias_test
    seismicrna.core.mu.unbias
    seismicrna.core.ngs
    seismicrna.core.ngs.phred
    seismicrna.core.ngs.tests
    seismicrna.core.ngs.tests.phred_test
    seismicrna.core.ngs.xam
    seismicrna.core.path
    seismicrna.core.rel
    seismicrna.core.rel.code
    seismicrna.core.rel.pattern
    seismicrna.core.rel.tests
    seismicrna.core.rel.tests.code_test
    seismicrna.core.report
    seismicrna.core.rna
    seismicrna.core.rna.base
    seismicrna.core.rna.convert
    seismicrna.core.rna.ct
    seismicrna.core.rna.db
    seismicrna.core.rna.io
    seismicrna.core.rna.pair
    seismicrna.core.rna.profile
    seismicrna.core.rna.roc
    seismicrna.core.rna.state
    seismicrna.core.rna.struct
    seismicrna.core.rna.tests
    seismicrna.core.rna.tests.db_test
    seismicrna.core.rna.tests.pair_test
    seismicrna.core.run
    seismicrna.core.seq
    seismicrna.core.seq.fasta
    seismicrna.core.seq.refs
    seismicrna.core.seq.section
    seismicrna.core.seq.tests
    seismicrna.core.seq.tests.fasta_test
    seismicrna.core.seq.tests.section_test
    seismicrna.core.seq.tests.xna_test
    seismicrna.core.seq.xna
    seismicrna.core.stats
    seismicrna.core.task
    seismicrna.core.tests
    seismicrna.core.tests.array_test
    seismicrna.core.tests.header_test
    seismicrna.core.tests.stats_test
    seismicrna.core.tests.version_test
    seismicrna.core.tmp
    seismicrna.core.types
    seismicrna.core.version
    seismicrna.core.write
    seismicrna.demult
    seismicrna.demult.demultiplex
    seismicrna.demult.main
    seismicrna.export
    seismicrna.export.main
    seismicrna.export.meta
    seismicrna.export.web
    seismicrna.fold
    seismicrna.fold.load
    seismicrna.fold.main
    seismicrna.fold.report
    seismicrna.fold.rnastructure
    seismicrna.graph
    seismicrna.graph.aucroll
    seismicrna.graph.base
    seismicrna.graph.color
    seismicrna.graph.corroll
    seismicrna.graph.delprof
    seismicrna.graph.giniroll
    seismicrna.graph.hist
    seismicrna.graph.histpos
    seismicrna.graph.histread
    seismicrna.graph.histrel
    seismicrna.graph.main
    seismicrna.graph.onestruct
    seismicrna.graph.onetable
    seismicrna.graph.profile
    seismicrna.graph.rel
    seismicrna.graph.roc
    seismicrna.graph.roll
    seismicrna.graph.scatter
    seismicrna.graph.snrroll
    seismicrna.graph.statroll
    seismicrna.graph.trace
    seismicrna.graph.twotable
    seismicrna.join
    seismicrna.joinbase
    seismicrna.joinbase.cluster
    seismicrna.joinbase.data
    seismicrna.joinbase.report
    seismicrna.lists
    seismicrna.lists.listpos
    seismicrna.lists.lists
    seismicrna.main
    seismicrna.mask
    seismicrna.mask.batch
    seismicrna.mask.data
    seismicrna.mask.io
    seismicrna.mask.main
    seismicrna.mask.report
    seismicrna.mask.write
    seismicrna.pool
    seismicrna.pool.data
    seismicrna.pool.main
    seismicrna.pool.report
    seismicrna.relate
    seismicrna.relate.aux
    seismicrna.relate.aux.cigarop
    seismicrna.relate.aux.human
    seismicrna.relate.aux.infer
    seismicrna.relate.aux.iterread
    seismicrna.relate.aux.iterrel
    seismicrna.relate.aux.tests
    seismicrna.relate.aux.tests.cigarop_test
    seismicrna.relate.aux.tests.infer_test
    seismicrna.relate.aux.tests.iterrel_test
    seismicrna.relate.batch
    seismicrna.relate.c
    seismicrna.relate.data
    seismicrna.relate.io
    seismicrna.relate.main
    seismicrna.relate.py
    seismicrna.relate.py.ambindel
    seismicrna.relate.py.cigar
    seismicrna.relate.py.encode
    seismicrna.relate.py.error
    seismicrna.relate.py.relate
    seismicrna.relate.py.tests
    seismicrna.relate.py.tests.ambindel_test
    seismicrna.relate.py.tests.cigar_test
    seismicrna.relate.py.tests.encode_test
    seismicrna.relate.py.tests.relate_test
    seismicrna.relate.report
    seismicrna.relate.sam
    seismicrna.relate.sim
    seismicrna.relate.tests
    seismicrna.relate.tests.sim_test
    seismicrna.relate.write
    seismicrna.renumct
    seismicrna.renumct.main
    seismicrna.sim
    seismicrna.sim.clusts
    seismicrna.sim.ends
    seismicrna.sim.fastq
    seismicrna.sim.fold
    seismicrna.sim.main
    seismicrna.sim.muts
    seismicrna.sim.params
    seismicrna.sim.ref
    seismicrna.sim.relate
    seismicrna.sim.tests
    seismicrna.sim.tests.ends_test
    seismicrna.sim.total
    seismicrna.table
    seismicrna.table.base
    seismicrna.table.calc
    seismicrna.table.load
    seismicrna.table.main
    seismicrna.table.write
    seismicrna.test
    seismicrna.test.main
    seismicrna.wf